Институт общей физики им. А.М. Прохорова Российской академии наук (ИОФ РАН) был организован в 1982 г. лауреатом Нобелевской премии академиком А.М. Прохоровым, который возглавлял его до 1998 г. С 1998 по 2002 гг. академик А.М. Прохоров являлся почетным директором Института.
В 2002 г. Институту было присвоено имя академика А.М. Прохорова. С 1998 по 2018 гг. Институт общей физики РАН возглавлял академик РАН Иван Александрович Щербаков, в настоящее время являющийся научным руководителем Института. С 2018 г. Институт общей физики РАН возглавляет член-корреспондент РАН Сергей Владимирович Гарнов.
В основе Института лежало Отделение А Физического института им. П.Н. Лебедева АН СССР. Отделение А включало в себя Лабораторию колебаний, Лабораторию физики плазмы и Лабораторию физики твердого тела. Эти подразделения определили структуру и цели нового института.
История ИОФ РАН неразрывно связана с прославленной Лабораторией колебаний ФИАН, образованной в 1934 г. (первоначально - Отдел колебаний), во главе которой в разные годы стояли крупнейшие ученые нашей страны: академики Н.Д. Папалекси (с 1934 по 1947 гг.), М.А. Леонтович (с 1947 по 1954 гг.) и А.М. Прохоров (с 1954 по 1998 гг.), и которым она обязана своими традициями и яркими научными открытиями. В научном руководстве Лабораторией колебаний также принимал активное участие академик Л.И. Мандельштам. В 1964 г. сотрудники лаборатории А.М. Прохоров и Н.Г. Басов (совместно с Ч. Таунсом, США) были удостоены Нобелевской премии по физике за фундаментальную работу в области квантовой электроники, которая привела к созданию генераторов и усилителей, основанных на лазерно-мазерном принципе.
Сотрудниками Лаборатории колебаний, Лаборатории физики плазмы, Лаборатории физики твердого тела ФИАН, а затем Института общей физики были выполнены основополагающие работы во многих отраслях физики, за что они удостоились высоких государственных наград. C 2020 является Федеральным Исследовательским Центром.